i)              Genética, Inmunología y Sanidad Acuícola: La salud de las especies acuícolas y la resistencia a enfermedades son prioridades industriales y ambientales. Integra genética, biología molecular y sanidad para generar herramientas predictivas (marcadores de resistencia, biomarcadores de inmunidad) y estrategias terapéuticas para prevención y control. 

ii)            Ecología y Gestión Integrada de Recursos Acuícolas y Pesqueros: La acuicultura actual se beneficia de enfoques ecosistémicos que integran producción, ambiente, gobernanza, socio-económico y recursos naturales. Esta línea busca consolidar prácticas de manejo, monitoreo ambiental y regulación-fiscalización que reduzcan impactos y optimicen la productividad a largo plazo y la sostenibilidad de recursos acuícolas y pesqueros. 

iii)           Resiliencia y Adaptación al Cambio Climático en Acuicultura y Recursos Acuáticos: El cambio climático genera variaciones de temperatura, salinidad , oxígeno y disponibilidad de recursos que condicionan el rendimiento y la salud de especies cultivadas y en recursos sometidos a pesca extractiva.